Equipe 01: Génie Fermentaire.

Transformation et conversion de bioressources et de biodéchets en vue de la production de métabolites à haute valeur ajoutée.
- Valorisation de rebuts de datte par la production de lactate et de glutamate
- Valorisation de Figuier de barbarie (Opuntia ficus indica) par la production de lactate et de levure de boulangerie (Saccharomyces cerevisiae)
- Valorisation de la matière lignocellulosique des sciures de bois par la production de lactate
- Valorisation de biodéchets tels que les produits arrivés à leur date limite de consommation comme les yaourts le pain (matière fermentescible) afin de réduire la quantité de déchets orientée en incinération ou en décharge.
- Conservation des légumes par fermentation lactique
- Recherche de bactériocines produites par les bactéries lactiques
- Etude de l’activité antibactérienne et antioxydante de l’Opuntia ficus indica

Equipe 02: Mycologie.

Les travaux de cette équipe se localisent essentiellement sur l'isolement et l'identification des champignons (champignons de stockage et parasites) qui contaminent les cultures et les aliments stockés ainsi que l'identification des mycotoxines et leur incidence sur la qualité. En plus il y a lutte In vivo et In situ, la lutte biologique occupe une place prépondérante.
1. Isolement et identification des champignons de différentes substances naturelles ainsi que l'identification des métabolites secondaires qu'ils peuvent engendrer et leur incidence sur la santé publique.
2. Moyens de lutte:
a- Lutte biologique utilisant quelques microorganismes:
- Bactéries: Bacillus megaterium et Pseudomonas fluorescens
- Champignons: Trichoderma viride, T. harzianum, et Bauveria bassiana
- Levures: Debaromyces hansinii
b- Usage des extraits de quelques plantes médicinales dotées d'une activité antifongique et identification des principes actifs.

Equipe 03: Ecologie Microbienne.

La wilaya de Sétif constitue un environnement très favorable et opportunités à saisir pour un projet de recherche sur les bio-fertilisants, leur amélioration génétique avec des essais en champs. 35 souches de Bacillus sp ont été isolées de sol semi-aride et aride algériens . Leurs activités bénéfiques pour la croissance et la protection des plantes ont été évaluées, Hafsa-Cherif Silini et al, 2016. Telle que la solubilisation du phosphate, la biostimulation, par la production AIA (Acide Indole acétique), le biocontrôle par la production Acide cyanhydrique , siderophores, 2,3-butanediol et l'activités antifongiques. Nous nous sommes engagés dans la caractérisation moléculaire des ces souches et l'identification des gènes impliqués dans les activités PGP. Nous souhaitons également développer des biofertilisants par encapsulation de ces souches bactériennes de type PGP.
La salinité et la déshydratation constituent deux facteurs abiotiques environnementaux inhibiteurs de la croissance de la plupart des organismes vivants. Dans les deux cas, la cellule subit un stress osmotique dont la conséquence est une perte d’eau intracellulaire et la mort. Les bactéries résistent, en règle générale, à de faibles teneurs en sels, elles sont dites halotolérantes. Lorsque la salinité du milieu extérieur augmente , seuls persistent , alors , certaines espèces adaptées dites halophiles. La majorité des bactéries et des plantes à intérêt agricole sont halotolérantes et sont donc inhibées par les écosystèmes salés ( sols salés ou arides, sols affectés par les remontées de sel, eaux saumâtres…). Il est bien établi que certaines molécules ou solutés compatibles permettent aux bactéries de résister à des teneurs moyennes ou élevées de sel et leur évitent la déshydratation cellulaire. Ces molécules sont appelées osmoprotecteurs(Glycine bétaine, proline etc …) . Les osmoprotecteurs ne présentent aucune forme de toxicité cellulaire, sont très solubles dans l’eau et agissent à de très faibles doses. En outre, elles sont fortement accumulées par les cellules confrontées à un stress osmotique. Les molécules osmoprotectrices sont retrouvées naturellement chez les organismes vivants adaptés à la salinité et à la sécheresse , (bactéries halophiles, plantes dites halophyles, macroalgues marines). Les halophytes et la algues marines sont riches en de telles molécules. L’idée du projet est donc d’apporter sous forme « d’engrais », d’ extraits d’halophytes et d’algues marines à des sols salés ou arides afin de restaurer la croissance bactérienne et végétale. Nous nous sommes intéressés plus particulièrement à des bactéries ayant un intérêt agricole ( les PGPR : Promoting growth Plant rhizobacteria) telles que Azotobacter, Pseudomonas, Pantoea ,Bacillus , Actinobacteria etc et comme plante, le blé dur.

Equipe 04: Microbiologie, phytopathologie et activités biologiques.

Le problème de la sécurité alimentaire se pose avec acuité est demande à être résolu dans un avenir proche. Ceci dans l'intérêt d'une grande partie de la population mondiale, en particulier les pays en voie de développement. Pour atteindre cet objectif dans les années à venir, une approche multifactorielle permettant à la fois d'augmenter la quantité produite sous des conditions favorables et défavorables, mais aussi de limiter les pertes de rendement dues aux bioagresseurs pathogènes est indispensable. Dans ce contexte général d'optimisation de la gestion des cultures et donc la protection, il apparaît primordial de développer des connaissances plus poussées sur l'épidémiologie des maladies des plantes cultivées, sur l'apparition d'agents phytopathogènes très résistants, et sur la qualité sanitaire des productions végétales, afin de développer des méthodes alternatives de protection plus efficaces, pouvant substituer à l'utilisation excessive des produits chimiques. L'activité scientifique est décrite à travers quatre axes de recherche interagissant entre eux et qui représentent des niveaux d'approches différents.

Axe1: Recherche et caractérisation des agents pathogènes et détermination des interactions plantes-pathogènes.

Axe 2: Recherche et caractérisation des micro-organismes antagonistes.

Axe 3: Recherche et valorisation des molécules actives et agents antagonistes appliqués dans le biocontrôle.

Axe 4: Recherche de méthodes de protection intégrée des plantes cultivées.

Equipe 05: Microorganismes d’intérêt économique: Endophytes et Probiotiques.

Les bactéries lactiques sont un groupe hétérogène de microorganismes. Elles sont impliquées dans un grand nombre de fermentations spontanées de produits alimentaires, ce qui a conduit à la reconnaissance de leur statut GRAS (Generally Recognized As Safe). En effet, les bactéries lactiques produisent de nombreux métabolites aux propriétés antimicrobiennes, qui inhibent la prolifération des agents pathogènes tels que les enterobactéries, Pseudomonas, Helicobacter et d’autres. De plus, les endophytes, un groupe spécifique et important de microorganisme reçois une importance considérable durant les dernières années a cause des métabolites secondaire bioactives.
Notre projet consiste à confirmer in vitro et in vivo le potentiel bénéfique des probiotiques et les endophytes isolés a partir de plusieurs niches écologiques, notamment, leur activité antimicrobienne (antibactérienne et antifongique) ainsi que la production et la purification des métabolites actives afin de trouver des stratégies thérapeutiques et préemptives adéquate soi pour l'utilisation humaine ou chez les animaux.
Notre projet se reparti selon trois axes :

(1) sélection et identification des souches potentielles a partir de différentes sources .

(2) analyse in vitro des effets biologiques des souches et de leur métabolite purifiées sur les microorganismes pathogènes .

(3) évaluation in vivo des effets potentiels des souches et leurs métabolites bioactives .